临床医学论文是从事临床医学研究的结果。什么是临床医学研究，缺乏很确切的界定，也很难进行科学分类。从现象来看大体上有两类不同情况：
一种是针对临床问题、利用临床材料所进行的实验研究。虽然其问题来源于临床，研究材料也多取之于临床，研究结果最终也将应用于临床，但其研究内容在相当长一段时间内却是与日常临床工作分离的实验室工作。比如近年来华西医科大学一院眼科关于Rb 基因的研究虽然起始于视网膜母细胞瘤， 但在实验室里深人研究Rb基因的结构与功能，则在很大程度上离开了眼科视网膜母细胞瘤。这类研究与基础性的实验研究实质上没有什么不同，其论文撰写应完全遵循温哥华格式的要求。
另一种是密切结合日常临床工作、主要利用临床观察手段所进行的研究。这类临床研究的研究对象是病人，因而和日常临床实践不可分割，互相促进。西方有句古老的谚语说..世上不存在疾病，只有生病的人” （”There are no disease、but only sick people”）。吴阶平在讲临床医学的特点时从分析人的社会属性人手，他说”世界上没有两个相同的人，””医务人员的服务对象不是病而是患病的人” 。”对每一个对象的服务都是一次全新的实践。没有相同的人，也没有相同的服务过程。临床工作实践机会次数之多，内容之丰富是任何其他领域都不能比拟的。我们在门诊，看十个病人，有十次实践，比较完整的实践，没有什么行业可比拟。临床医学具备本身所特有的总结经验教训的机会。对病人的诊治，经几个星期、几个月之后的实际结果会告诉你，你的处理是对的还是错的。事先考虑愈周到，就愈容易总结经验教训。”这些深刻论述告诉我们，事前考虑细致，认真对待每次诊治，事后注意总结经验，这既是做好医生的关键，也是进行临床医学研究的不竭源泉。
关于医疗实践与科研的关系，内科学家张之南口气跑得好”有人以为一提到研究就意味着进实验室，其实不然。临床现象多种多样，问题繁多复杂，需要研究的课题很多。观察到一些现象，弄清一些规律，明白一些道理，都需要研究。例如弄清疾病的自然规律，观察某种治疗效果，长期追查阐明转归、预后及其影响因素，以及诊断治疗上的改进，无不是很好的临床研究课题。临床研究常常不被重视甚至被认为比实验室研究低一等，这是极端错误的。实际上临床研究直接面向病人，从某个角度看， 比动物实验、细胞和分子水平的研究更为困难。大宗病例多因素长时间的观察分析，以及通过一个病例发现一个过去未被认识的新问题，都是高水平的研究。目标明确、设计合理的临床研究应该得到鼓励和推动。”临床医学的特点，决定了临床医学论文的一些特有形式，如个案报告、病例分析、诊疗经验、临床病理讨论等。